Chính từ sự quan tâm sâu sắc đó từ rất sớm và với tinh thần trách nhiệm của một người đảng viên cộng sản chân chính trước vận mệnh của Đảng nên khi trên cương vị là người đứng đầu của Đảng từ nhiệm kỳ Đại hội XI đến khi qua đời, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã trực tiếp lãnh đạo, chỉ đạo và đưa công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng đạt được những kết quả to lớn, quan trọng.

Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng là người đã lãnh đạo và làm cho công cuộc phòng chống tham nhũng, tiêu cực trong Đảng trở thành một xu thế tất yếu, không thể đảo ngược. Từ thực tế như Đại hội XI (năm 2011) nhận định:

Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã cùng Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương ban hành nhiều nghị quyết đặc biệt quan trọng về xây dựng Đảng như các nghị quyết Hội nghị lần thứ tư Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XI, XII và XIII. 

Trung ương cũng đã đổi mới và ban hành nhiều quy định như: Quy định về kỷ luật đối với tổ chức Đảng, đảng viên vi phạm; quy định về những điều đảng viên không được làm; quy định về trách nhiệm nêu gương của cán bộ, đảng viên; quy định chuẩn mực đạo đức cách mạng của cán bộ, đảng viên giai đoạn mới… làm cơ sở cho việc nhận diện, đấu tranh, đẩy lùi các hiện tượng sai trái, tiêu cực trong đội ngũ cán bộ, đảng viên. Đó là cơ sở quan trọng cho công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng.

Mặt khác, với sự lãnh đạo, chỉ đạo quyết liệt của Tổng Bí thư, công cuộc phòng chống tham nhũng của Việt Nam trong hơn 10 năm qua đã từng bước hình thành nên một hệ thống cơ chế, thể chế phòng chống tham nhũng đồng bộ, chặt chẽ và hiệu quả.

Trong 3 nhiệm kỳ qua, Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ Chính trị, Ban Bí thư đã ban hành hơn 250 văn bản về xây dựng, chỉnh đốn Đảng, hệ thống chính trị và phòng chống tham nhũng, tiêu cực, nhất là các quy định về phòng chống tham nhũng, tiêu cực; đấu tranh, ngăn chặn, đẩy lùi suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống; kiểm tra, giám sát, thi hành kỷ luật Đảng; kiểm soát quyền lực trong công tác cán bộ, chống chạy chức, chạy quyền; tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với các cơ quan bảo vệ pháp luật trong điều tra, xử lý các vụ án, vụ việc; thu hồi tài sản bị thất thoát, chiếm đoạt trong các vụ án hình sự về tham nhũng, kinh tế; bảo vệ người phát hiện, tố giác, đấu tranh chống tham nhũng, tiêu cực...

Về mặt tổ chức, bộ máy phòng chống tham nhũng cũng đã có sự hoàn thiện từng bước từ Trung ương đến địa phương. Tại Hội nghị lần thứ 5 Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XIII đã thông qua chủ trương thành lập Ban Chỉ đạo cấp tỉnh về phòng chống tham nhũng, tiêu cực nhằm làm cho công tác này lan tỏa một cách sâu, rộng hơn trong mọi ngành, mọi cấp.

Đồng thời, đây cũng là bước tiến quan trọng để công cuộc này đến gần với nhân dân hơn, để nhân dân thấu được ý nghĩa, tác dụng và lợi ích của công tác này đối với xã hội, cộng đồng và với chính bản thân mình. Từ đó, tạo điều kiện thuận lợi để nhân dân có thể tham gia bàn bạc, hiến kế bài trừ vấn nạn này; để nhân dân tham gia giám sát kết quả phòng chống tham nhũng, tiêu cực, nhất là tình trạng tham nhũng vặt ở ngay chính tại cơ sở.

Không chỉ là người trực tiếp lãnh đạo, chỉ đạo công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng, với vai trò là một nhà lý luận xuất sắc, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã hình thành nên một hệ thống các quan điểm chỉ đạo công tác này, nhất là trong lĩnh vực phòng chống tham nhũng, tiêu cực, làm nền tảng cho sự nghiệp xây dựng Đảng của Đảng ta. Điều này đã được thể hiện cụ thể qua tác phẩm "Kiên quyết, kiên trì đấu tranh phòng chống tham nhũng, tiêu cực, góp phần xây dựng Đảng và Nhà nước ta ngày càng trong sạch, vững mạnh" của Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng.

Những nhận thức lý luận này là sự đúc rút từ tư tưởng của Chủ tịch Hồ Chí Minh, từ thực tiễn phòng chống tham nhũng ở nước ta cũng như từ sự nghiên cứu kinh nghiệm của thế giới. Các quan điểm lý luận đó được thể hiện qua những nội dung sau: Tham nhũng, tiêu cực là "giặc ở trong lòng", "giặc nội xâm" và là một trong những nguy cơ đối với Đảng và cách mạng Việt Nam; uy hiếp sự tồn vong của chế độ; làm mất niềm tin của nhân dân đối với sự lãnh đạo của Đảng.

Trong phòng chống tham nhũng, tiêu cực thì phòng là cơ bản, lâu dài, chống là cấp bách, trước mắt. Đấu tranh phòng chống tham nhũng, tiêu cực không ngừng, không nghỉ, không có vùng cấm, không có ngoại lệ, bất kể người đó là ai. Mục đích của việc xử lý tham nhũng, tiêu cực là để "trị bệnh cứu người", kỷ luật một vài người để cứu muôn người, truy tố một vụ để cảnh tỉnh cả một vùng, một lĩnh vực. Đấu tranh chống tham nhũng là một bộ phận cấu thành quan trọng của toàn bộ sự nghiệp đấu tranh cách mạng của Đảng và nhân dân ta hiện nay.